Bilbao - Tras el periodo de casi cuatro legislaturas de José Antonio Ardanza como lehendakari, llegó la necesidad de buscar un sustituto. La época de Ardanza pasó sin demasiados sobresaltos dentro de un PNV que pudo dedicarse a construir país y buscar la paz sin mirar demasiado hacia dentro. Con la anunciada marcha de Ardanza, todas las miradas se posaron en el vicelehendakari, un alavés que ocupaba la Consejería de Hacienda y que había negociado el Concierto con Rodrigo Rato. Juan José Ibarretxe, que había sufrido en sus carnes la escisión del 86 que llevó al PNV a perder la alcaldía de Laudio, fue el candidato a la sucesión. A Arzalluz pareció cautivarle la personalidad de Ibarretxe, culto, metódico, austero y tenaz. Tras sufrir en 2001 la más dura campaña electoral que se recuerda, el PNV mantenía a Ibarretxe lehendakari.

La pinza PSE-PP tras las elecciones de 2009 quitó la lehendakaritza a un PNV que había vuelto a ganar las elecciones.

Pero Arzalluz ya no era entonces el líder del partido. En 2004 se produjo el relevo. El proceso volvió a poner a prueba al partido. A la sucesión optaban Josu Jon Imaz y Joseba Egibar, el primero era identificado con la visión política del BBB y el segundo, considerado como más afín a Arzalluz.

La pugna provocó un debate interno en el que algunos se dejaron llevar por la vehemencia. El apasionado debate llevó a Imaz, que había logrado un gran prestigio en el Parlamento Europeo y en la Consejería de Industria de Ibarretxe, a la presidencia del EBB del PNV por un solo voto, que le llegó de Nafarroa.

Arzalluz, que había mostrado públicas simpatías por Egibar ponía fin a una larga época al frente del primer partido de Euskadi, superando crisis, escisiones, crueles campañas mediáticas en su contra y tras haber intentado lograr la paz y solucionar el histórico contencioso de Euskadi con el Estado mediante un nuevo Estatuto que abriera la puerta a una consulta, llamado plan Ibarretxe.