Desde que la Copa de la UEFA cambió de formato y pasó a denominarse Europa League en la temporada 2009-10, Ernesto Valverde ha dirigido 32 encuentros de la competición continental repartidos en los banquillos de tres clubes: Villarreal, Olympiacos y Athletic.
El estreno se produjo el 17 de septiembre de 2009, cuando Txingurri estaba al cargo del Villarreal. Pese a que con tres victorias y tres derrotas clasificó al equipo para superar la ronda de grupos, su destitución en enero le impidió seguir sumando partidos.
Así, después de seis partidos con el Submarino amarillo, su siguiente encuentro de la Europa League se pospuso al 14 de febrero de 2012, ya al frente del Olympiacos. Entonces, Valverde había alcanzado el tercer puesto en la fase de grupos de la Champions League, lo que le hizo caer a la segunda competición continental. El Olympiacos superó al Rubin Kazan con dos victorias y en octavos de final cayó eliminado ante el Metalist, que remontó el 0-1 de la ida con un 1-2.
Habría que aguardar al 19 de febrero de 2015 para ver a Valverde de nuevo en la Europa League, esta vez como técnico del Athletic. En aquel caso, los leones venían de caer en la fase de grupos de la Champions, donde fueron terceros, y fueron expulsados en los dieciseisavos de final de la Europa League, donde se enfrentaron al Torino, que tras el 2-2 de la ida venció en San Mamés por 2-3.
Valverde retornaría en la 2015-16, su campaña más prolífica en la Europa League al alcanzar con el Athletic los cuartos de final, donde los leones sucumbieron ante el Sevilla en los penaltis (5-4 tras el 2-1 en Bilbao y el 1-2 posterior). Su última experiencia fue solo una temporada después, con un Athletic que avanzó hasta los dieciseisavos, en los que fue apeado por el Apoel, que cedió 3-2 en San Mamés pero luego remontó con un 2-0.
En total, Valverde ha sumado 32 partidos, 22 con el Athletic (10 victorias, 5 empates y 7 derrotas), 4 con Olympiacos (3-0-1) y 6 con el Villarreal (3-0-3). En la Copa de la UEFA dirigió 31 partidos entre los banquillos del Athletic, Espanyol y Olympiacos con un balance de 19 victorias, 4 empates y 8 derrotas. Con el cuadro catalán alcanzó la final en 2007, cuando perdió contra el Sevilla. Mientras, en la Champions League acumula 43 partidos (24 triunfos, 10 derrotas y 9 empates).
