Ninguna de las dos alternativas para la integración urbana del ferrocarril en Zorrotza contempla que los convoyes de transporte de mercancías atraviesen por la futura estación. El Ministerio de Transportes ya ha aprobado provisionalmente el estudio informativo para la eliminación de los dos pasos a nivel del ferrocarril en el barrio bilbaino y plantea dos alternativas. La diferencia entre ambas que discurrirían bajo la zona de las Zazpi Landa, estriba en la canalización de los tráficos de mercancías a su paso por la estación subterránea: así, la Alternativa 1 estaría diseñada con una estación en caverna de vía doble y un túnel de vía única como baipás para mercancías.
Esta opción consiste en una variante ferroviaria de 1.553 metros de longitud que consta de un túnel de vía doble a lo largo de 1.300 metros, con una estación en caverna, y un segundo túnel de vía única de mercancías de 430 metros de longitud que se bifurca de la anterior y sortea la caverna de las estación por el sur a modo de baipás. El trazado de esta variante se inicia justo después del punto de cruce de la tubería del Consorcio de Aguas de Bilbao. Desde el exterior se han diseñado tres accesos, uno desde el Parque Alazne López Etxebarria, otro desde Ignacio Miranda y el último, la batería de ascensores desde Zorrotzgane.
Por otro lado, la Alternativa 2 planteada por el Ministerio de Transporte incluye una estación en caverna común para los trenes de viajeros y de mercancías, discurriendo estos últimos por una vía lateral que está separada por un muro vertical de la zona de andenes de viajeros.
Según el diseño de esta solución, la variante ferroviaria tendría una longitud de 1.553 metros, de los cuales 1.300 discurrirían por un túnel; 602 metros estaría diseñado en doble vía y 698 metros a uno de vía triple. Al igual que en la Alternativa 1, esta solución implica una reducción de recorrido entre las estaciones de Santa Ageda y Hospital de Basurto de 406 metros, pasando de los 4.083 metros actuales a 3.677 metros por variante. Aunque en ninguna de las dos opciones, el transporte de mercancías pasaría por la estación, el estudio considera que la Alternativa 1 es la solución óptima, “atendiendo a criterios medioambientales, funcionales, económicos y de plazo de ejecución”. La supresión de los pasos a nivel en Zorrotza es una reivindicación del barrio, por ser el trazado actual un cruce peligroso donde ha habido accidentes con fallecidos atropellados por el tren.
En los últimos años se ha venido trabajando en varios estudios. Fue la sociedad interinstitucional Bilbao Ría 2000 la primera que estudió alternativas. En 2007 la Dirección General de Infraestructuras Ferroviarias realizó un proyecto de construcción para suprimir las vías en Zorrosgoiti y un año más tarde, en diciembre de 2008, se realizó un estudio similar para soterrar el segundo paso a nivel. En 2010 fue Feve quien estudió alternativas para soterrar el tren y finalmente encargó a Ineco la elaboración de una propuesta para que los trenes dejen de atravesar el barrio. Fue entonces cuando se plantearon cuatro trazados a los vecinos. En 2019 se suscribió el Protocolo de Colaboración entre el Ministerio de Fomento, el Ayuntamiento de Bilbao y el Administrador de Infraestructuras Ferroviarias para la integración del ferrocarril en Zorrotza. En base a este protocolo, en 2019 el Ministerio adjudicó a Saitec el contrato de servicios para redactar el Estudio informativo para la integración urbana del ferrocarril en Zorrotza.
