La trayectoria de servicio público de Mikel Burzako está muy vinculada al Gobierno vasco. En 2000 fue nombrado director de Cooperación al Desarrollo, dentro del Ejecutivo del lehendakari Ibarretxe. Posteriormente, fue designado director de Relaciones Exteriores, responsabilidad desde la que contribuyó a poner en marcha las delegaciones de Euskadi en EE.UU., México, Chile y Argentina.
En la primera legislatura del lehendakari Urkullu, desempeñó el cargo de director de Coordinación en Lehendakaritza, responsabilizándose del programa de gobierno y de la planificación del Ejecutivo. En la actualidad es asesor en Estudios y Análisis del Sector Público del Departamento de Hacienda, a la par que se encarga de las relaciones internacionales del PNV.
