Este batallón del PNV era esencialmente guipuzcoano, y su núcleo primigenio procedía de las Milicias Vascas de Loyola. Tras la caída de Gipuzkoa y la constitución efectiva de la unidad, esta pasó a acuartelarse primero a Gernika, al convento de los Agustinos, y poco después marchó a Bermeo. Este hecho, junto a la llamada de reemplazos, motivó la inclusión de vizcainos en el Itxarkundia.

El batallón actuó en el frente de Legutiano (Villarreal) en diciembre, donde sufrió numerosas bajas. Por entonces su comandante era Felipe de Lizaso, en sustitución de Luis Sansinenea, primer comandante de la unidad. En 1937, a principios de abril, combatió en Cruceta, Otxandio, donde los días 3 y 4 en la zona de Santa Cruz sufrió bajas apreciables. Pasó luego a las Peñas de Orisol, en Arangio, y al collado de Asuntze, junto al santuario de Urkiola, de donde se retiró hacia el día 6. El batallón quedó en el frente de Mañaria integrado en la Séptima Brigada, hasta pasar a finales de mayo a la zona de Aramotz-Igorre.

Tras una corta estancia en las posiciones del valle de Arratia, fue trasladado, tras la ruptura del Cinturón de Hierro, a Artxanda, desde donde trató el 14 de junio de acercarse a Derio para contener la irrupción franquista. Las fuerzas del batallón y de intendencia que alcanzaron Derio fueron capturadas, mientras el resto de la unidad retrocedía acosada por los tanques enemigos.

El Itxarkundia se reagrupó en la zona del molino de Artxanda, el popular Aixerrota. Tras duros combates, en la noche del día 15 se le retiró del frente. El Itxarkundia permaneció en Bilbao guardando el orden junto a otras fuerzas hasta el 19 de junio. Parte del Itxarkundia salió de la villa antes del corte, aunque una compañía lo hizo de forma apurada a través de la vía del ferrocarril. Otra parte de los efectivos del batallón quedó en Bilbao, debiendo entregarse y quedando provisionalmente acuartelada en Abando, junto a fuerzas del batallón Irrin-tzi. En Santander, el Itxarkundia continuó integrado en la Séptima Brigada, hasta que en agosto fue capturado por el enemigo, tras incumplir los italianos el llamado Pacto de Santoña.