Su actividad política comenzó en el verano de 1976, momento en el que se incorporó a EAJ-PNV, dando sus primeros pasos en las filas de Euzko Gaztedi (EGI). Mantiene una militancia activa sin ocupar cargos relevantes hasta que con la escisión es llamado para formar parte de la lista municipal de Portugalete, con la sorpresa finalmente de encabezarla.
A partir de ahí, Joseba Aurrekoetxea ha estado siempre donde se le ha requerido. Aunque su trabajo es más de un carácter interno, Aurrekoetxea tampoco ha tenido ningún inconveniente en ocupar cargos públicos cuando desde el partido se lo ha solicitado. Así, ha ejercido como concejal, parlamentario o senador.
