En la actualidad, se están desarrollando en la cueva de Armintxe cuatro líneas de trabajo independientes que tienen como objetivo documentar con precisión el sistema kárstico, el arte rupestre presente en la cavidad y los posibles procesos de alteración que pudieran afectar al yacimiento.

El primero es un proyecto que desarrolla la Universidad de Cantabria y que está dirigido por el arqueólogo Diego Garate Maidagan, que, junto a Iñaki Intxaurbe, de la UPV/EHU, descubrió en la cercana cueva de Atxurra –ya excavada como yacimiento arqueológico por José Miguel de Barandiaran en 1934 y es muy conocida por los espeleólogos de la zona–, en Berriatua, otro santuario rupestre con alrededor de 70 grabados de animales del paleolítico superior. Consiste en el desarrollo de una cartografía geomorfológica de detalle de la cueva y un análisis de alta precisión de los paneles que albergan los grabados, mediante una reconstrucción fotogramétrica y colorimetría. La Diputación tiene previsto que los resultados de este trabajo estén disponibles para finales de este año.

El mismo experto está dirigiendo un segundo proyecto desarrollado por la asociación Investigarte, para el control de cierres y accesos de la cueva. Un tercer trabajo consta de un proyecto de investigación subvencionado por la propia institución foral y dirigido por Iñaki Intxaurbe, de la UPV/EHU, para obtener una cartografía en 3D de alta precisión y una reconstrucción espacial de la cavidad.

Finalmente, se ha encargado un último proyecto a la empresa LabCertis –especializada en la investigación, difusión y conservación del patrimonio histórico y natural–, para instalar y configurar equipos de medición de los niveles hidrostático.